故事開始於宇宙深處，鏡頭慢慢轉向了一個金屬星球——賽普特恩。畫外音開始講述賽普特恩的歷史：
"幾百萬年以前，在一個名叫賽普特恩的星球上存在著智慧生命。但他們不是我們所熟悉的生命形態。在星球居住著有思維和感情的智慧機械體—變形金剛。變形金剛分為汽車人和霸天虎。殘忍的霸天虎們唯一的目標就是徹底統治宇宙，他們計劃要消滅熱愛和平的汽車人。一場正與邪的戰鬥席捲了整個賽普特恩，豐富的資源幾近匱乏。汽車人們在這性命攸關的時刻勇敢地選擇為生存而戰」
千斤頂和大黃蜂從一個地下出口爬了出來。他們發現了一些能量棒，並準備將他們送往基地（名為Iacon）。在路上，他們遭到了霸天虎紅蜘蛛，驚天雷，鬧翻天的阻擊。他們盡力擺脫了敵人，回到基地。
此時此地，聲波正在監視著汽車人基地Iacon，他放出激光鳥前去偵察。激光鳥竊聽到了擎天柱，爵士，警車和開路先鋒的對話，得知他們正準備實施一項能量搜尋計劃。聲波立即向霸天虎的領袖威震天報告。威震天決定跟蹤汽車人，他委託震盪波在他離開時全權管理賽普特恩。
汽車人登上了他們的宇宙飛船方舟號(the Ark)出發了，霸天虎們也乘坐暴影號飛船緊隨其後。途中，兩顆小行星在方舟號前相撞，造成了大量的流星體，汽車人運用激光在流星碎片中剖開一條道路，霸天虎尾隨不捨，暴影號的行蹤被警車發現，汽車人想再次運用激光擺脫霸天虎，然而能量已經耗盡了。霸天虎把暴影號靠上來與方舟固定為一體，並攻進了汽車人的飛船。激戰中飛船航向失去了控制，兩艘船駛入了一地球的引力區，方舟帶著所有汽車人和霸天虎急速進入大氣層，他們墜落在一處火山腳下，變形金剛們開始漫長的沉睡。
四百萬年過後，火山的一次爆發激活了方舟的主控電腦——顯像一號，它放出一枚探測器調查這個星球的情況。探針發現了一架軍用噴氣機，並將影像傳回飛船。顯像一號修復了離它最近的一個變形金剛——鬧翻天，並使他變形為一架噴氣機。鬧翻天把威震天的機體拖到顯像一號前進行維修，然後兩人把全體霸天虎都復原了，霸天虎們野心勃勃地決定洗劫這個星球的能源然後征服宇宙。離開方舟的時候，紅蜘蛛向方舟開了一炮和依然沉睡的汽車人表示永別。方舟內，擎天柱的軀體受到震動，正好摔落在顯像一號的修復光線下面。擎天柱也復活了！
霸天虎們破壞了一個電站，並用站裡的鋼材建造新的基地。同時，紅蜘蛛想要推翻威震天的野心變得越來越明顯。
鏡頭再次轉向方舟，擎天柱已經修復了所有的汽車人，同時命令探長和飛過山出發探察這個星球並搜尋霸天虎。他們發現了霸天虎的蹤跡，探長準備返回向擎天柱匯報，但是飛過山卻忍不住向威震天開了一槍。他沒擊中目標，反而引起了聲波的注意，他放出激光鳥追捕偷襲者，探長被打落山崖，掉入山谷，飛過山逃回了基地。他帶來了救護車返回救助探長。
驚天雷和照相機奉命調查汽車人的行蹤，他們把一輛普通的汽車誤認為是敵人。聲波派出了機器狗發動襲擊，霸天虎第一次與人類遭遇了。
鑽井平台上，斯派克普拉.威特威奇和他的兒子斯派克正在工作，霸天虎突然來襲。他們搶奪原油並將其製成能量塊。汽車人趕到出事地點予以阻止，霸天虎們帶著能量塊逃走了，但威震天在撤退之前破壞了原油平台使之下沉，汽車人和地球人全部落入水中，燃燒的原油覆蓋著整個海面。擎天柱用盡全力拯救了斯派克和他的父親。 |
